AGUPENA didirikan pada tanggal 28 November 2006 di Jakarta oleh para Pemenang Lomba Penulisan Naskah Buku Bahan Bacaan yang diselenggarakan Pusat Perbukuan Departemen Pendidikan Nasional, atas usulan dan dukungan Dirjen Peningkatan Mutu Pendidik dan Tenaga Kependidikan (PMPTK) yang saat itu dijabat oleh Prof. DR. Fasli Jalal yang selanjutnya Prof. DR. Fasli Jalal menjadi Dewan Pembina.[3] AGUPENA telah dicatat dalam Akta Notaris pada tanggal 22 Desember 2006 No. 06/2006 oleh Notaris Saifuddin Arief, S.H., M.H. serta SK Kemkumham RI Nomor AHU-0000293.AH.01.04.Tahun 2017 atas nama Yayasan Agupena.
Tokoh pendiri yang kemudian menjadi Ketua Umum pertama AGUPENA adalah Alm. Achjar Chalil. Organisasi ini bersifat keilmuan, profesional, dan mandiri dengan memiliki tiga fungsi. Pertama, sebagai wadah persatuan, pembinaan dan pengembangan guru penulis Indonesia. Ke-dua, sebagai wadah partisipasi aktif profesional guru penulis dalam usaha menyukseskan pembangunan nasional. Ke-tiga, sarana penyalur aspirasi anggota dan komunikasi sosial timbal-balik antarorganisasi profesi, kemasyarakatan, dan pemerintah. Sejak Munaslub tahun 2010, guru penulis menyatakan dirinya bersatu di dalam wadah Asosiasi Guru Penulis Indonesia (AGUPENA)
Kegiatan dan usaha Agupema diantaranya, memberikan pembinaan dan pelatihan kepada para guru, dosen, dan tenaga kependidikan agar mampu menulis bahan bacaan, buku pelajaran, karya ilmiah dalam bentuk tulisan yang selaras dengan tujuan pendidikan Nasional sebagaimana yang tercantum dalam Undang-Undang Nomor 20 tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional dan Undang-undang Nomor 14 tahun 2005 tentang Guru dan Dosen; Membantu Pemerintah mendorong peserta didik secara aktif mengembangkan potensi dirinya untuk memiliki kekuatan spiritual keagamaan, pengendalian diri, kepribadian, kecerdasan, akhlak mulia, serta keterampilan yang diperlukan bagi dirinya, masyarakat, bangsa dan Negara;
Menjalin kerja sama dengan lembaga pemerintah dan swasta di dalam maupun di luar negeri bagi kemajuan dan kesejahteraan serta peningkatan kualitas profesi guru penulis;
Menerima/melayani guru, dosen, dan tenaga kependidikan yang menulis bahan bacaan yang tidak bertentangan dengan Undang-Undang Nomor 20 tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional dan Undang-undang Nomor 14 tahun 2005 tentang Guru dan Dosen serta diperuntukan bagi peserta didik dari tingkat Taman Kanak-kanak sampai Perguruan Tinggi; Menyelenggarakan penelitian, pelatihan, dan pengembangan di bidang ilmu pengetahuan serta studi banding keilmuan dan profesi;
Melakukan kegiatan dan usaha lain yang halal yang dapat mewadahi dan menghidupi kegiatan organisasi dan para anggotanya.
Berikut Ketua AGUPENA dari masa ke masa, Achjar Chalil, S.Pd (2006-2009), Naijan, S.Pd.,M.Pd (2010-2015, 2016-2021), Muhammad Ardy Ali (2022-2026).
Ketua Wilayah Agupena Nusa Tenggara Timur yakni Bapak Thomas Akaraya Sogen (2014 – sekarang).
Ketua Agupena Cabang Flores Timur, Maksimus Masan Kian (2015-2020), Muhammad Soleh Kadir (2020-2023)
Ada tiga (3) kategori keanggotaan Agupena yaitu, guru/ pensiunan guru, dosen/ pensiunan dosen dan Tenaga Kependidikan/ Pensiunan Tenaga Kependidikan.